豆知識程度の話。
ゲームガイドとかで既出だったらすみません。

①期限切れのときに持たせていた種は消える？

→消えずに再び管理人を雇ったときに最初から持ってます。
期限切れ後、アイリンからエイドンへ管理人を変えたりした場合でも同様。
領主様の種の引き継ぎをしてる二人を想像したら少し面白いですね。

②アイリン雇用期間中にエイドン券を使用するとどうなる？
(またはその逆)

→使用時(購入時)に選択肢が出てきますが、アイリンからエイドンに即時で管理人を変更した上で購入ぶんの期間を延長することができます。
配布の管理人チケットがアイリンエイドン両方あって困っていましたが困らなくて大丈夫でした。