これは私も困っているのですが、
調べたら「サポートに問い合わせたけど無理って言われた」という話を見かけて諦めました。

家門が無くても(キャラクターを削除しても)一度でもインしてしまったサーバーが全て表示される仕様のようです。
どうしてもという場合はサポートセンターに問い合わせてみるのが良いと思います。

ちなみに、ご覧のようにメインサーバーとは別のサーバーでログインして遊ぶことは可能ですし、統合の際の公式の処置なので規約にも違反しないと思います。
それが同じ統合サーバー(デネブとか)であれば、フレンド検索の名前入力時に同じ名前のプレイヤーが複数人いるかのような形で表示されます。 (編集済み)