拠点持ちは参加できないということで色んなかたの話を聞いただけなのですが
①組み合わせは上位から3ギルド区切りでランキングの近いギルドがマッチングするようです。
どうしようもない力の差がないので、配置の運はあれど基本的には3ギルドの戦略が全てで楽しいと思います。

②イベントが終われば黒字にするのは中々難しいですね。
ただあまりに美味しくしてしまうと、拠点持ちは参加できないという仕様なので拠点戦をせずに模擬に行くギルドが多くなる懸念があります。
模擬の兵器を安くするか報酬をもう少し増やしてもいいと思いますが、この仕様で戦うなら兵器は温存するギルドが多いのではないでしょうか。

バリケードや神聖物などが7レベルまでしか上げられない（本来10レベル）ので、人数やCPにもよりますが兵器を使わず素殴りで落とすことはできます。
ただ兵器を使ったギルドが圧倒的有利ではあるので、１vs１の状況で勝敗が微妙なら使って勝ちにいきたいです。
出しても壊されなければ資金は減らないので、余裕で勝てそうなら大砲隊の練習に出すのもアリですね。

三つ巴では一番有利な状況にあるギルドを叩く（自ギルドの相対的な有利を高める）というのがほぼ全ギルド共通の基本戦略なので、戦力差がない三つ巴の拠点戦では「先に兵器を出した（有利になった）ギルドが狙われる」という状況は普段からもありますし、資金の問題で兵器を出しにくいギルドが多ければその傾向は加速するかもしれません。
なので1ギルドが落ちた後はどうかわかりませんが、少なくとも3ギルドある状態では資金がなく兵器を使えないギルドが絶対負けるということはなく節約対戦も可能だと考えています。

③たまに本戦で勝ててるのであまり参考にならないかもしれませんが、
本戦で勝てるならそれが一番なので、本戦をやらないという選択肢はあまりないと思います。
ただし戦力が同等でマップはランダムという模擬拠点戦の面白さもあるので、今までほど本戦にはこだわらないかもしれません。
入札通ればラッキー、通らなければ模擬があるしというギルドが増えれば全体の入札額も下がってくれそうな気がします。