馬がどこにいるのか分からない、そもそも捕獲方法が分からないといった方を見かけます。まず捕獲方法が分からない方は、最初期の村(バレノス自治領 ベリア村)で受けられるクエストに馬捕獲のチュートリアルがありますので、やってみてください。
メニュー→マップもしくは画面左上の地球儀をタップするとマップを開くことが出来ますが、そこで各フィールドで「馬を捕獲することができる地域なのか」(魚が釣れる地域なのか、も)確認することができます。
馬を捕獲することができるフィールドに入ったら画面左上のミニマップに馬のアイコンが表示されますのでそこに向かってください。(必ず出現しているとは限りません)

ようやく捕獲についてですが、準備段階として馬を捕獲するには最低限「馬捕獲用ロープ(以降、縄と略します)」が必要になります。これは村のショップでシルバーを利用して購入することが出来ます。縄を持たずに馬を捕獲しようとすると、パールで縄を購入する画面に飛ばされてしまうので、必ずシルバーで購入してから向かうようにしましょう。
馬の捕獲率を高める黒砂糖もシルバーで購入することが出来ます。
黒砂糖を使う場合は必ずミニゲームに入る前に使ってください。

馬を見つけ、縄をかける際に注意しなければならないのが【馬との距離】です。
「縄はかかるのにミニゲームに発展しない」という方は距離をとって(離れて)縄をかけるようにして下さい。
縄がかかったら「近づいて下さい」とアナウンスが出ますが、ここでも1つ注意点があります。
【馬が前足を振り上げている間は近づかない】事です。
「ミニゲームに発展しない」方と原因は同じで、振り下ろした馬の前足に蹴られて捕獲がキャンセルされてしまっています。
蹴られないように慎重に近づくとミニゲームに発展します、ミニゲームが3回成功しても捕獲できない場合もあります。(捕獲成功率の最大値が80%の時など)

訂正、補足があればコメントよろしくお願いします。